Las entidades de salud no tienen una exención subjetiva general de ICA. La exclusión recae sobre recursos del Sistema General de Seguridad Social en Salud —SGSSS— destinados a prestaciones cubiertas por el sistema. Ingresos provenientes de planes voluntarios, medicina prepagada, servicios particulares, arrendamientos o rendimientos financieros pueden ser gravados. El punto decisivo es la fuente y destinación del recurso, no la naturaleza institucional del prestador.
El artículo 111 de la Ley 788 de 2002 protege los recursos de la seguridad social en salud frente a impuestos territoriales en los términos allí establecidos, en armonía con el artículo 48 de la Constitución. El Consejo de Estado, Sección Cuarta, en sentencia del 4 de abril de 2019, expediente 20204, distinguió los pagos del SGSSS por servicios cubiertos de los ingresos provenientes de planes voluntarios y medicina prepagada. Estos últimos no están excluidos porque no derivan de recursos del sistema.
La Corte Constitucional, en Sentencia C-524 de 2023, consideró ajustada a la Constitución la interpretación que limita la desgravación a los recursos del SGSSS vinculados a servicios cubiertos. En consecuencia, la exclusión opera en la base gravable y exige prueba; no convierte a clínicas, IPS o profesionales en sujetos exentos por toda su actividad.
Una IPS recibe pagos de una EPS por servicios incluidos en el plan de beneficios, de una ARL por atenciones laborales, de una compañía de medicina prepagada y de pacientes particulares. Registrar todo en una cuenta genérica de “servicios de salud” impide demostrar la exclusión. Cada línea debe analizarse según pagador, fuente del recurso, cobertura y contrato. Incluso con una EPS como pagador puede haber conceptos administrativos, arrendamientos o servicios no cubiertos que no comparten el tratamiento del servicio asistencial financiado por el SGSSS.
La matriz de trazabilidad debe unir contrato, pagador, factura, RIPS u otro soporte asistencial, código del servicio, autorización, recaudo bancario y cuenta contable. Los rendimientos de CDT, recuperaciones, venta de activos y servicios particulares deben separarse. Si una misma factura contiene componentes cubiertos y no cubiertos, la base debe segmentarse con criterio verificable. La falta de detalle traslada el debate a estimaciones y aumenta el riesgo de que la administración territorial grave el total por ausencia de prueba del contribuyente.
El beneficio del sector salud es objetivo y trazable: protege determinados recursos, no todas las rentas del prestador. La defensa sólida depende de poder seguir cada peso desde su origen en el SGSSS hasta el servicio cubierto que remunera.
Constitución Política, art. 48; Ley 788 de 2002, art. 111; Consejo de Estado, Sección Cuarta, sentencia del 4 de abril de 2019, exp. 20204; Corte Constitucional, Sentencia C-524 de 2023.